Module 2 Visualisation I
Objectifs
Découvrir –et vous émerveiller de– ce que l’on peut faire avec le logiciel R (R Core Team 2018)
Savoir réaliser différentes variantes d’un graphique en nuage de points dans R avec la fonction
chart()Découvrir le format R Markdown (Allaire et al. 2018) et la recherche reproductible
Intégrer ensuite des graphiques dans un rapport et y décrire ce que que vous observez
Comparer de manière critique un flux de travail “classique” en biologie utilisant Microsoft Excel et Word avec une approche utilisant R et R Markdown ; Prendre conscience de l’énorme potentiel de R
Prérequis
Si ce n’est déjà fait, vous devez installer et vous familiariser avec la ‘SciViews Box’, RStudio, Markdown. Vous devez aussi maîtriser les bases de Git et de GitHub (avoir un compte GitHub, savoir cloner un dépôt localement, travailler avec GitHub Desktop pour faire ses “commits”, “push” et “pull”). L’ensemble de ces outils a été abordé lors de la création de votre site personnel professionnel du module 1.
Avant de poursuivre, vous allez devoir découvrir les premiers rudiments de R afin de pouvoir réaliser par la suite vos premiers graphiques. Pour cela, vous aurez à lire attentivement et effectuer tous les exercices de deux tutoriels2.
Démarrez la SciViews Box et RStudio. Dans la fenêtre Console de RStudio, entrez l’instruction suivante suivie de la touche Entrée pour ouvrir le tutoriel concernant les bases de R :
BioDataScience::run("02a_base")Ensuite, vous pouvez également parcourir le tutoriel qui vous permettra de découvrir R sur base d’une analyse concrète (cliquez dans la fenêtre Console de RStudio et appuyez sur la touche ESC pour reprendre la main dans R à la fin d’un tutoriel) :
BioDataScience::run("02b_decouverte")Références
R Core Team. 2018. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/.
Allaire, JJ, Yihui Xie, Jonathan McPherson, Javier Luraschi, Kevin Ushey, Aron Atkins, Hadley Wickham, Joe Cheng, and Winston Chang. 2018. Rmarkdown: Dynamic Documents for R. https://CRAN.R-project.org/package=rmarkdown.